Forse non ho ben capito, ma tento...
Non risolveresti il problema semplicemente modificando il delay attuale 555 da 40 secondi a 41 secondi?
Se si, ti basta agire sul resistore di timing, oppure inserisci in serie al resistore un trimmer e regoli fin quando ottieni il corretto valore di ritardo.
Per i 6V, non sono un problema effettivamente perché il 555 lavora fino a 5V, mi preoccuperei però di tenere in considerazione il fatto che 6V li prelevi da una batteria che per sua natura si scarica e di conseguenza calerà la tensione ai suoi capi. Quando la batteria scende sotto i 5V il 555 smetterà di funzionare in modo corretto.
Potresti ovviare utilizzando un LDO da 3.3V, che è una tensione abbastanza lontana da 5V, ma non so se esiste il 555 che lavori anche a 3.3V, prova a cercare su RS o Mouser Electronics.

Luca.