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I due circuiti sono alimentati da una batteria LiPo 3 celle, vorrei proteggerla in caso di cortocircuito del secondario continuando a far funzionare il primario.
Di elettronica non so praticamente niente, l'unico componente che conosco da utilizzare in questi casi è il fusibile.
Ci sono alternative al fusibile?

Ma che cosa sarebbero questi due circuiti?
Prendono solo l'alimentazione dalla stessa fonte o sono collegati in qualche altro modo tra loro?

Comunque, in linea generale non vedo controindicazioni al mettere fusibili come protezione; mettine uno al "primario" e uno al "secondario" (ma proprio questa denominazione dovevi usare ? ).

Nessuna controindicazione Claudio.
Volevo solo capire meglio di che cosa si stesse parlando.

Grazie per avermi risposto.
I due circuiti sono separati, il primo alimenta un motore brushless con correnti che possono arrivare anche a 80A, il secondo alimenta una videocamera.
Il fusibile mi interessa metterlo solo al circuito che alimenta la videocamera.

E allora metticelo e fine del chiasso sei in grado di dimensionarlo ?

Tensione nominale sopra i 14V, corrente nominale 1A-2A, tempo di intervento non ne ho idea.
La batteria può sopportare 150A per almeno 10 secondi.
Fra la batteria e la videocamera dovrei mettere un filtro LC per attenuare i disturbi prodotti dal motore.

Beh, la corrente deve essere un po' superiore al quella massima assorbita dalla videocamera... se non hai dati certi (frutto di misure) coi numeri che hai dato mettilo da 3 A (o anche superiore, tanto deve proteggere solo quello che ha a monte); per tale applicazione mettilo "rapido" (F); per quanto concerne il filtro LC, ininfluente dal punto di vista del fusibile, non sono in grado di aiutarti.

Grazie claudiocedrone, mi interessava sapere se il filtro potesse dare problemi al fusibile.

Io tiro a indovinare, stai avendo problemi di EMI ma non sai che pesci pigliare
L'idea del fusibile non ha senso. Poi vorrei capire in base a cosa hai stabilito che serve un filtro LC dato che per dimensionarlo ti serve un oscilloscopio con il quale devi aver gia' visto la frequenza del disturbo stesso. Tutto cio' va fatto comunque dopo aver accuratamente schermato i disturbi radio provocati dal circuito di potenza del motore. Tiro ancora a indovinare che il problema sono proprio quelli.