Solo come idea.
Assembla il trasformatore e tieni insieme il tutto con del filo (anche quello da cucito o da imbastitura).
Poi lo rivesti con uno strato di silicone, anche quello per idraulica, oppure di pasta acrilica (quella venduta nei tubi da silicone, che si usa anche per fissare componenti elettronici, un po piu dura del silicone ma rimane comunque gommosa), uno strato da 2 o 3 mm sarebbe sufficente.
Una volta reticolizzato, puoi inglobare il blocchetto in qualsiasi tipo di resina tu trovi, fregandotene se sia isolante, termicamente non retraente, o perfino nel cemento se ci tieni (

) perche' a quel punto il trasformatore sara' protetto dallo strato di silicone o acrilico e non risentira' piu delle variazioni della resina esterna.
Questo ovviamente se il trasformatore non scalda di suo e quindi non ha necessita' di dissipare, ma se dici che ci passa cosi poco segnale non dovrebbe farlo.
Nel caso invece dovesse dissipare, servono prodotti specifici per l'impregnazione sottovuoto e NON si possono tranquillamente inglobare in scatole o farci spessori eccessivi intorno con le resine (come si fa nei trasformatori per convertitori DC-DC o per alimentatori switching, che tranne alcune realizzazioni speciali, sono tutti impregnati sottovuoto ma "a vista", senza custodie esterne)