Premetto che io programmo gli AVR esclusivamente sotto Linux.
Di programmatori JTAG per AVR ce ne sono tanti, serve principalmente per il Debug o per programmarlo, io in tutti questi anni non ho mai sentito la necessità di un debug a passo uno del mio codice. Di solito gli programmo via SPI, il programmatore è molto più semplice. Io uso come software di programmazione Uisp, Avrdude e Ponyprog, tutti open source compilati da me.
IDE AVR-Studio è free ma io non lo uso per ovvi motivi

Io uso Vim, make, autoconf e auotomake per scrivere e gestire i programmi.
Win-AVR NON E' UN COMPILATORE

ma è una collezione di programmi e librerie open source compilati per MS-Windows. Il compilatore è il GCC free e open sorce. Anche il GCC che uso è compilato da me come cross-compiler, ha parecchie opzioni alcune tipiche per i microcontrollori. Serve anche una libreria C chiama AVR-libc anch'essa free e open sorce.
Per quanto riguarda i codici ZigBee e RF4CE non ho tempo per scaricarli ma la documentazione riporta chiaramente la libertà dello stack software rilasciato:
Atmel offers a suite of free and certified IEEE 802.15.4-compliant
software stacks, like IEEE 802.15.4 MAC, IPv6/6LoWPAN, ZigBee RF4CE,
ZigBee PRO, and ZigBee Smart Energy stacks.
Gli AVR USB non gli ho ancora usati ma anche qui il firmware USB dovrebbe essere free e se mi ricordo bene vengono venduti con un bootloader USB pre-programmato dalla fabbrica.