Devi andare su:
Vista-Layer, qui selezioni il Layer che vuoi modificare cliccando prima sul layer e poi su modifica; a questo punto compare una finestra e nella parte inferiore c'è scritto "opacità" che dovrebbe essere impostata a 100, se la diminuisci ti crea l'effetto trasparente.
Preciso comunque che i layer si vedono a strati; questo vuol dire che il layer che sta più in alto, in questo caso il layer chiamato "circuito" è quello che si vede più sotto di tutti, mentre il layer "altro 12" è quello che sta più sopra di tutti.
Per farti un esempio ho fatto un rettangolo nero col layer circuito e un rettangolo rosso col layer lato componenti:
come puoi vedere il layer circuito che si trova più in alto è quello più sotto di tutti, mentre il layer lato componenti che è il terzo layer a partire da sopra si trova in superficie; devi giocare un po con questa cosa.