Adesso e' quasi tutto chiaro. Non devi attivare l'NE555 con il contatto del rele', ma attivi l'NE555 semplicemente mandandogli la tensione di alimentazione. Quindi lo schema che dovresti usare e' quello gia' suggerito da G.Schgor, cioe'
http://www.kpsec.freeuk.com/projects/timer.htm. In quello schema appena arriva la tensione di alimentazione trova il condensatore collegato tra il piedino 2 e massa scarico, e quindi il piedino 2 viene messo per un istante a potenziale < 1/3 di Vcc e quindi il piedino 3 dell'NE 555 si porta a livello alto, e tale resta per il tempo determinato da R e C (che per tre secondi potrbbero essere 330 kohm e 10 uF, ma ti conviene usare il trimmer come indicato su quello schema).
Sul piedino 3 e' collegato un transistor e un rele', ed il contatto di quest'ultimo viene messo in serie al contatto del rele' che alimenta la pompa.
A questo punto bisognerebbe sapere con che cosa e' alimentata la pompa dell'acquario, e quindi si potrebbero avere i seguenti scenari:
1) bobina del rele che la comanda la pompa (rele' 1) alimentata dai 220 di rete:
metti ai capi della bobina un alimentatore da 220 AC/12 V cc; appena viene eccitato il rele' viene alimentato il circuito con l'NE555 e questo fa eccitare il rele' a 12 V (rele' 2) collegato al piedino 3, il cui contatto e' messo in serie al contatto del rele 1, e la pompa viene alimentata.
2) bobina del rele che la comanda la pompa (rele' 1) alimentata da 24 V in continua:
utilizzi un riduttore/stabilizzatore di tensione tipo uA7812 per abbassare la tensione a 12 V,e mandi quest'ultima al NE555.
3) bobina del rele che la comanda la pompa (rele' 1) alimentata da 12 V in continua:
mandi questa tensione, tale e quale, al circuito con NE555
4) bobina del rele che la comanda la pompa (rele' 1) alimentata da 12/24 V in alternata: dovrai usare un ponte ed un condensatore da 500 uF di livellamento, dopodiche' ti comporti come nel caso 2 e 3.
Quando l'acqua arriva a livello viene a mancare l'alimentazione al rele 1 (PS ma c'e' un galleggiante elettrico ?) , quindi viene a mancare l'alimentazione al circuito con l'NE555, che si spegne e quindi e' pronto per un altro ciclo.
Se invece qualcosa va storto, dopo 3 secondi l'NE555 diseccita il suo rele', che avendo il contatto in serie alla pompa gli toglie l'alimentazione. In questo caso la pompa non si attivera' piu', e quindi questo stato di malfunzionamento dovra' essere segnalato dal buzzer e dal diodo led apposito, come nello schema sopraindicato, che sembra fatto apposta per te.
Metti in parallelo al rele' 1 (se e' alimentato in CC) e 2 dei diodi 1N4007 altrimenti le extratensioni di commutazione provocheranno sicuramente dei danni.
Se dovessi avere difficolta' e ci dici in quale scenario e' inquadrabile il tuo caso, qualcuno potrebbe farti uno schema: io non so se avro' il tempo in questi giorni
saluti