Volendo, sul lato PC potresti utilizzare pure MatLab o LabView.
Sul primo non ho mai provato nulla in particolare, ma con LabView la gestione della seriale è molto semplificata grazie all'utilizzo di pochi blocchettini presenti nella libreria VISA.
A questo punto, poi, come ti è gia' stato detto, basta solo scegliere che "significato" dare alle stringhe di bit.
Tipo se assegni alla stringa S=0xFF il significato "accendi led", quando da PC (per esempio tramite HyperTerminal, Realterm oppure un linguaggio come LabView o Java) invii questa stringa, quando il microcontrollore la riconoscerà (per esempio ti crei una ISR che effettua dei confronti ad ogni interrupt di ricezione sulla USART), accenderà un led connesso ad una determinata porta.

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