Se non descrivi il problema non si capisce nulla e non si va da nessuna parte. Hai parlato di encoder, di resettare variabili, di timer e poi di seriale di LCD e non so più di cos'altro.
Ricominciamo.
Ti faccio una serie di domande numerate e dovrai rispondere a tutte le domande in maniera numerata e molto dettagliata e rigorosa: non è per me ma è per il bene di chiunque legga questa conversazione.
Gli altri utenti che sono intervenuti a rispondere possono risolvere il tuo problema solo guardando Arduino negli occhi
1) L'encoder rotativo funziona correttamente? Puoi provare impostando la seriale o con un led: acceso quando il conto dell'encoder è pari e spento quando è dispari così girando passo passo l'encoder dovrebbe lampeggiare.
2) Hai in qualche modo fatto debouncing sui pin dell'encoder? Puoi farlo software o hardware: può assomigliare ad un delay nel software o ad un passa basso in hardware ma ci vuole
3) perché devi resettare la variabile del conteggio dell'encoder?
4) devi farlo ogni secondo esatto o dopo un secondo che l'encoder non viene toccato tipo una specie di reset temporizzato?
5) non è una domanda ma un "affermità": la seriale di Arduino è lentuccia e fa polling sui registri quindi rallenta il processore è vero, ma leggere un encoder è essenzialmente controllare due pin con una interrupt: se non fuziona non è colpa della seriale
Attendo risposta a tutte le domande e vedrai che quando spiegherai bene cosa funziona, cosa no, cosa vuoi fare e cosa vuoi ottenere la soluzione sarà semplice

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