In effetti ho capito un po' dell'inghippo guardando il file startup_stm32f429x.s. Anche non conoscendo l'assembly in questione, è abbastanza chiaro che alla fine c'è un vettore di interrupt che vanno eventualmente implementati in stm32f4xx_it.c
Quando dici "che devi abilitare tramite il controllore NVIC" puoi essere più specifico? Devo guardare in che direzione? C'è un altro file che mi è parso di aver capito è importante ed è stm32f4xx_hal_msp.c.

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