cosa cambia se lo alimento con la stessa batteria che voglio controllare?
Difficile a dirsi, molto dipende dalla stabilità interna dell'integrato, soprattutto dal generatore del riferimento di tensione, che sarebbe poi il punto più delicato. Alimentarlo a tensione stabilizzata significa limitare il range di "possibili" variazioni interne. Poi, nel tuo caso, puoi scoprire che funziona tutto bene.
il transistor che hai inserito per pilotare il buzzer è un PNP; può andar bene il 2N3906?
Molto dipende dal buzzer che userai. Meglio fare una ricerca prima. Però vedo meglio un BC327.
il diodo 1N4007 posso lasciarlo comunque a protezione di eventuali inversioni di polarità?
Come credi.

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