Quello che capita è che la JVM non è installata correttamente e quindi ha prestazioni subottimali. Da quanto ho visto, capita più spesso con Linux, con certe versioni di OpenJDK e soprattutto in quei casi in cui per incompatibilità varie (driver etc.) le accelerazioni varie non sono disponibili. In certi casi, si possono ottenere risultati catastrofici che non sono da imputare a Java.
Certo è che se Java fosse un po' meglio integrato nei sistemi operativi se ne avrebbero solo benefici per i programmi che lo utilizzano.
Più di frequente, accade di scrivere codice non molto efficiente se non si conoscono bene i meccanismi che stanno dietro le librerie di base. Per esempio, manipolare le stringhe con la classe String può in certi casi rivelarsi inefficiente. Però quello è un problema del programmatore (che esiste in ogni linguaggio moderno con una libreria standard complessa).
Un ottimo amico di chi vuole scrivere codice rapido ed efficiente è un profiler, oppure cose meravigliose come VisualVM:
http://visualvm.java.net
Molto spesso i problemi non sono là dove li si aspetta.
P.S.

Elettrotecnica e non solo (admin)
Un gatto tra gli elettroni (IsidoroKZ)
Esperienza e simulazioni (g.schgor)
Moleskine di un idraulico (RenzoDF)
Il Blog di ElectroYou (webmaster)
Idee microcontrollate (TardoFreak)
PICcoli grandi PICMicro (Paolino)
Il blog elettrico di carloc (carloc)
DirtEYblooog (dirtydeeds)
Di tutto... un po' (jordan20)
AK47 (lillo)
Esperienze elettroniche (marco438)
Telecomunicazioni musicali (clavicordo)
Automazione ed Elettronica (gustavo)
Direttive per la sicurezza (ErnestoCappelletti)
EYnfo dall'Alaska (mir)
Apriamo il quadro! (attilio)
H7-25 (asdf)
Passione Elettrica (massimob)
Elettroni a spasso (guidob)
Bloguerra (guerra)




pigreco]=π