Mimetex su Windows

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... potrebbe dipendere dal fatto che ho usato cygwin al posto di mingw? ...

Cygwin oltre al compilatore GCC ha tutti gli altri comandi POSIX, si appoggia sulla GNU Glibc. MinGW ha il compilatore GCC, alcuni tool di sviluppo e basta, si appoggia sulla libreria C della Microsoft.

Puoi sempre fare la prova col MinGW se l'errore cambia.