con MKDIR aggiungi il percorso completo e lui te lo crea, se manca la cartella finale la aggiunge, (provato su windows10, ma funziona sicuramente anche con altri windows).
Beh, lato client non è preclusa la possibilità di creare cartelle, se il server FTP è configurato per consentirlo (beninteso, con le opportune cautele di sicurezza)