Il problema principale è l'elettronica interna della batteria, ci sono chip proprietari che gestiscono la carica/scarica, dialogano con il PC e sono configurati per lavorare con il numero di celle originario. Se aggiungi celle in parallelo non so come si comporterebbe.
Potrebbe caricarsi al 100% se il controller esegue un semplice controllo sulla corrente assorbita.
Ma potrebbe anche darsi che il controller misuri i mAh, se lui è settato a 5200 mentre la batteria effettivamente è a 10400 dopo l'upgrade, potresti trovarti con entrambi i pacchi batteria carichi a metà!
Boh, di questo non ne sono sicuro, ma in passato ho già sperimentato un'altra cosa:
il mio pacco batterie era considerato "da sostituire", il PC mostrava il pop-up di notifica. Questo perché l'elettronica del pacco batterie forse aveva contato un tot di cicli carica/scarica e comunicava al PC che il pacco ormai era esaurito.
Io ho rimosso le celle originali e collegato delle nuove celle, ma il controller non ne voleva sapere, continuava a dire che il pacco batterie era esaurito. (un po' come le cartucce delle stampanti

)
Attualmente le vecchie celle rimosse le sto ancora utilizzando in un altro progettino, forse hanno perso un po' di capacità ma se ricaricate direttamente continuano a funzionare.
E' sicuramente una motivazione di sicurezza, cercano di stimare la vita del pacco batterie e bloccano tutto prima che succedano cose strane.