Continuare a stupirsi di una cosa che avevi già capito non conduce in nessun luogo, e per quanto mi riguarda non ho ricette particolari se non suggerirti quel che avevo già scritto.
Se non elimini gli effetti di quella commutazione prova(riscrivo) separando le alimentazioni: Arduino insieme al display deve essere un altro mondo rispetto al controllo dei led(poi cos'altro c'è e come è messo lo sai tu).
Allora, le linee PWM sono sei, fai finta che sia una sola, cinque le scolleghi, ti concentri su una interponendo un optoisolatore e vedi cosa accade al tuo semaforo di prossimità.
Saluti

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